مدرسه میرزا حسین مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، محله بیدآباد، خیابان مسجد سید، مجاور مسجد سید واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۲ تیر ۱۳۸۴ با شمارهٔ ثبت ۱۲۰۹۸ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. یکی از مدارس قدیمی اصفهان مدرسه میرزا حسین است. این مدرسه که در نزدیکی مسجد سید و در محله بید آباد واقع شده از آثاری است که در زمان شاه سلیمان صفوی ساخته شده است. سال ساخت مدرسه به موجب کتیبه سردر، سال ۱۰۹۹ هجری قمری است. این کتیبه که به خط نستعلیق سفید بر زمینه کاشی خشت لاجوردی است حاوی اشعاری است که مصراع آخر آن سال ۱۰۹۹ هجری را بیان می دارد. در این اشعار به نام بانی مدرسه و شاه سلیمان صفوی اشاره شده است. سنگاب نفیس مدرسه نیز به خط نستعلیق برجسته بر سنگ پارسی تاریخ ۱۲۷۵ هجری قمری (زمان سلطنت ناصرالدین شاه قاجار) را با نام نویسنده برخود دارد. مدرسه میرزا حسین ۴ ایوانه است و حجره های طلاب در یک طبقه ساخته شده اند.